เรื่องย่อ การผจญภัยบทใหม่ของเจ้าเหมียวสีฟ้า โดราเอมอน,โนบิตะ และผองเพื่อนในเกาะมหัศจรรย์ซึ่งเต็มด้วยสิงสาราสัตว์ยุคโบราณ แต่เหตุการณ์เริ่มวุ่นวาย เมื่อพวกเขาพบเด็กชายที่หน้าเหมือนโนบิตะราวกับแฝด และมีนายทุนจอมชั่วร้ายเข้ามารุกรานเกาะนี้ การต่อสู้ของโดราเอมอนและผองเพื่อนเพื่อปกป้องเกาะแห่งนี้จะสำเร็จหรือไม่และเด็กชายปริศนาคนนั้นคือใคร
เกิดอุบัติเหตุในการเดินทางย้อนอดีตไปเกาะมหัศจรรย์ จึงเป็นเหตุให้พ่อของโนบิตะย้อนเวลามาในสมัยเป็นเด็กๆ รุ่นราวคราวเดียวกับโนบิตะ ทั้ง 2 คนพบกันแต่พ่อของโนบิตะจำอะไรไม่ได้เพราะโดนของวิเศษโดราเอมอนทำให้ลืมความทรงจำ การผจญภัยในเกาะมหัศจรรย์ และปริศนาด้วงทองคำจึงเริ่มต้นขึ้น และเหตุการณ์ในครั้งนี้ของวิเศษโดราเอมอนแทบทุกชิ้นอยู่ในระหว่างซ่อมบำรุง การผจญภัยในเกาะจึงมีของวิเศษเหลืออยู่เพียงไม่กี่ชิ้นเท่านั้น